A plataforma MiSeq pode produzir até 2x300pb paired-end reads e cerca de 15Gb de dados em uma única corrida. Isso permite a montagem de pequenos genomas ou a detecção de variantes com acurácia, especialmente em regiões de homopolímeros. Atualmente, é possível também o multiplexing (barcodes) de amostras, diminuindo o tempo de preparo e custos de sequenciamento por amostra.
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